да, возможна даже гибель семьи.

В мозгах муравьев прошита определённая программа.
Для молодой матки большинства видов -- это зарыться, сделать небольшую камеру и отложить яйца. Если не дать ей эту небольшую камеру -- программа начинает сбоить. Самка или вообще не сможет отложить яйца или начнет приспосабливать подручные материалы -- рыть ватку, делать навесики из ватки или подручных средств и т.п.
Для небольшой семьи программа -- уединиться в одной двух камерах. Закрыть выход и жить тайно выходя на улицу за едой только в случае крайней необходимости. Попав в большой формикарий семья будет пытаться забаррикадироваться в одной-двух ячейках а остальной формик воспринимать как улицу. Если у них не будет возможности закрыться в отдельных камерах (нет подручных средств перекрыть выход, широкие ходы) у семьи начинается сбой программы. Она ведёт себя так, словно её выкинули из муравейника на ровный стол. Сбивается в кучку где-либо. Развитие резко замедляется.
Это всё я описываю по своим наблюдениям. Могу и ошибаться. Мои семьи лазиусов, бегунков, мессоров, мирмиков, формиков -- всегда пытались закрыться в одной двух камерах, пока были малочисленны. Я им давал для этого немного песка и камешков. Мессоры набрав зерна закрывались камешками и вообще не выходили по недели из своего укрытия. С ростом семьи выход переставали закрывать и становились смелее. Сейчас мессоры никогда не закрывают у меня входы ни в один из трёх своих формикариев.
Бегунки, чья численность упала у меня с 1200 до 400 сейчас опять стали закрывать вход в свое гнездо на ночь. Открывают только один вход и только на несколько часов дневной фуражировки.

Вот только как их потом открывать так, чтоб муравьям ненавредить

Буквально вчера говорил на эту тему. И вот такую идею мне подкинули:
Если формикарий вертикальный, то можно сделать заднюю стенку не стационарной, а открывающейся. Потом просверлить сквозные отверстия в тех местах, которые надо перегородить (разумно перегораживать тоннели), и через них убирать/вставлять задвижки. Убираются они при открытии заднего стекла, т.е. смотровое покровное остается на месте, и никто никуда не разбегается.