Не знаю, смеяться или плакать, но я не смог понять информацию, зашифрованную в этом потоке сознания...

Попробуйте поменять рацион обитателей пробирок. Вполне возможно, что они часть пищи складывают на ватку.
Чтобы ещё точнее убедиться в этом ли причина, можно часть мурашей оставить на прежнем рационе. Так называемую "контрольную группу".

А если точно со стороны воды желтеть начинает, вспомните, какую воду использовали раньше, когда желтизна не появлялась. Возможно, в нынешней воде избыток солей железа. Такое бывает, если водопроводные трубы или совсем новые, или очень старые.

Кипятите пробирки перед повторным использованием. И вату почище.

вата в пробирке со стороны воды начинает желтеть

Вата это органическое вещество (хлопок), и если есть бактерии (или споры) и влага то они могут развиваться - и получается этот эфект гниения.
Хлопок обычно продается стерильный, пробирки обычно тоже... значит бактерии попали посреднический, скорей всего через руки когда сжимали ватку.
Есть шанс что вместе с маткой, но это чаще выглядит как загрязнение со стороны матки.

что можно сделать чтоб не было такого

Наверно в вашем случае можно обойтись кипеченой водой, прокипитите пробирку, помойте руки :)

Я скажу как я делаю (может я немного строгавато, но это так как я Биотехнолог и так как я заранее готовлю 70-100 пробирок перед сезоном):
Ставлю кипитится воду, заливаю в два стакана - один будет для воды в пробирки, а во второй бросаю стерелизоваться шприц (удобно потом наливать отмереное количество воды в каждую пробирку) и поршень (которым пропихиваю вату в пробирку), жду пока вода остынет (чтобы небыло бульбочек после остывания пробирок), в это время расчищаю стол и готовлю место работы, мою руки, достаю новые пробирки и вату, руки дизинфицирую спиртом и только тогда за работу.
Дальше пробирки ждут пару недель до сезона, те что загрязнились или высыхают слишком быстро - бракую до заселения.