Мои советы не очень ценны, так как я и сам новичок, но написать охота. У меня тоже небольшая арена(коробочка из под ватных палочек) с подключенными напрямую пробирками. Опасаясь выветривания влаги, заузил вход в пробирку резиновой заглушкой - в итоге входное отверстие уменьшилось до 5мм в диаметре. Так как в пробирке живут бегунки, на арене насыпан слой песка. Бегунки используют песок чтобы самостоятельно регулировать размер входного отверстия. Так что может быть и Вам заглушка поможет.
И еще по поводу гермовводов. Вы их вставляете в стенки арены изнутри, а представьте, что Вам, в уже заселенной муравьями конструкции, придется по какой либо причине заменить гермоввод на другой. Гораздо удобней будет его заменить если он вынимается наружу.