Наведение порядка в формикарии является неотъемлемой частью ухода за колонией. Как правило жилые камеры формикария почистить практически невозможно, но чистка арены - задача вполне выполнимая и важная.

При проектировании арены важно учитывать необходимость периодической уборки. Необходимо продумать арену таким образом, чтоб вся ее площадь была доступна для быстрого обслуживания, которое не вызовет проблем у вас и ваших питомцев.
Периодически с арены необходимо удалять весь скопившийся мусор (останки насекомых, вскрытые коконы и др.).
Крупный мусор можно собрать пинцетом. Для мелкого хорошо подойдет эксгаустер или USB-пылесос для клавиатур.
Необходимо удалять весь мусор с полосы антипобега, и при необходимости обновлять его. Чистку желательно выполнять во время нраименьшей активности муравьев, это избавит их от лишнего стресса.

Иногда возникает необходимость капитальной чистки арены, для этого лучше всего закрыть муравьям доступ к ней.
При небольшом количестве фуражиров можно попытаться прогнать муравьев в формикарий, заткнуть трубку-вход ваткой и спокойно убраться, но со многими видами это затруднительно. Например, рыжие лесные муравьи вместо того чтоб испугаться и убежать, в лучшем случае встанут в стойку и начнут обстреливать мирмикипера кислотой, в худшем - побегут всей колонией на арену, защищать свой муравейник. Хорошим вариантом является сменная арена, когда к формикарию подключается новая (чистая) арена, а старая путем затруднения доступа к ней муравьев (переподключение старой арены через новую. или к такому выходному отверстию формикария которым муравьи редко пользуются) постепенно выводится с эксплуатации. Чтоб переключить внимание фуражиров на новую арену кормление производится на ней.
Для больших колоний или агрессивных видов чистку или смену арены лучше приурочить к периоду их зимовки, но сама конструкция такой арены должна предусматривать возможность установки сменных модулей (кормушек, поилок) которые легко изьять не тревожа муравьев, заменить или почистить.